Ačkoliv se regulační opatření týkající se bezpečné koncentrace peroxidu vodíku, kdy již nehrozí nebezpečí výbuch, značně rozcházejí, je koncentrace 2,5 – 3 % považována za natolik bezpečnou, že je běžně prodávána jako dezinfekční prostředek pro domácí použití. S roztoky nad 50% je třeba zacházet obecně jako s výbušninou. Peroxid vodíku je třeba skladovat v nádobách z materiálů, s nimiž nereaguje a ani nedochází k jeho rozkladu. Pro tyto účely je k dispozici celá řada vhodných látek, jako jsou některé nerezavějící oceli, plastické hmoty a některé slitiny hliníku. Vzhledem k silně oxidačním vlastnostem peroxidu vodíku, je třeba jej skladovat mimo dosah paliv a zdrojů katalytické kontaminace. Vedle možných požárních rizik je třeba počítat s tím, že páry peroxidu vodíku mohou reagovat s uhlovodíky a alkoholy za vzniku explozivních směsí. Při jeho rozkladu dochází k uvolňování kyslíku, a tak pokud je skladován v uzavřené nádobě, může docházet k nárůstu tlaku uvnitř nádoby, a případně její detonaci. Páry peroxidu vodíku mohou vybuchnout při teplotě nad 70 °C. I to je důvod, proč je třeba skladovat peroxid vodíku za nižší teploty.